Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I gene analysis of the yellowfin snapper, Lutjanus xanthopinnis in the Indo-Pacific region and a note on Lutjanus lutjanus population structure

• DOI: 10.1016/j.heliyon.2023.e19348
• Publication Date: 2023-08-23T01:12:16Z
• Authors: Takaomi Arai; Hussein Taha; Najihah Alidon; Juhaidah Jumat; Syakirah Azmey; Nur Dhabitah Zan; Tun Nurul Aimi Ma...; Ahasan Habib
• Keywords: Science (General); Population; Aquatic Science; Gene; Genetic diversity; Yellowfin tuna; Commercial fishes; Agricultural and Biological Sciences; Q1-390; Sociology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Genetics; DNA barcoding; Cytochrome c oxidase subunit I; Genetic variation; Conservation of Sharks and Rays; Molecular Biology; Biology; Migration; Nature and Landscape Conservation; Demography; H1-99; Diversity; Tuna; Lutjanidae; Life Sciences; Length-Weight Relationships of Fish Species; Mitochondrial DNA; DNA Barcoding for Food Authentication and Fraud Detection; FOS: Sociology; Social sciences (General); Phylogeography; Fish; Biogeography; Fishery; FOS: Biological sciences; Environmental Science; Physical Sciences; Species Identification; Genetic structure; Zoology; Research Article; Phylogenetic tree

تم تسجيل سمك النهاش أصفر الزعانف، Lutjanus xanthopinnis، كنوع موصوف حديثًا في منطقة المحيطين الهندي والهادئ في عام 2015. ومع ذلك، فإن معرفة بيولوجيتها وجغرافيتها الحيوية وبيئتها بالكاد مفهومة، وبالتالي، يتم تصنيف حالة الحفظ الحالية على أنها ناقصة البيانات. تم فحص جين السيتوكروم سي أوكسيديز الفرعي الأول (COI) للميتوكوندريا لتأكيد تحديد الأنواع. قمنا أيضًا بفحص الأنماط الفردية لجين COI لـ L. xanthopinnis في بروناي دار السلام وماليزيا جنبًا إلى جنب مع المياه الأخرى، أي بنغلاديش وإندونيسيا واليابان وسنغافورة وسريلانكا وتايوان. وجدت تحليلاتنا الجزيئية أن عينات بروناي دار السلام وشبه جزيرة ماليزيا الشرقية متشابهة وراثيًا. ومع ذلك، أظهر الأول تنوعًا وراثيًا أعلى من الثاني. كما أظهرت العينات المأخوذة من هذين الموقعين علامات على التوسع السكاني. علاوة على ذلك، يمكن العثور على أنماط فردية متطابقة في مواقع مختلفة، مما يشير إلى عدم وجود بنية وراثية مكانية. من ناحية أخرى، أظهر Lutjanus lutjanus بنية سكانية مرتبطة بالمواقع الجغرافية، أي غرب المحيط الهادئ والمحيط الهندي ومالوكو في إندونيسيا.<br/>Le vivaneau à nageoires jaunes, Lutjanus xanthopinnis, a été enregistré comme une espèce nouvellement décrite dans la région indo-pacifique en 2015. Cependant, la connaissance de sa biologie, de sa biogéographie et de son écologie est à peine comprise et, par conséquent, son état de conservation actuel est classé dans la catégorie Données insuffisantes. Le gène de la sous-unité I (COI) de la cytochrome c oxydase mitochondriale a été examiné pour confirmer l'identification de l'espèce. Nous avons également examiné les haplotypes du gène COI de L. xanthopinnis au Brunéi Darussalam et en Malaisie ainsi que dans d'autres eaux, à savoir le Bangladesh, l'Indonésie, le Japon, Singapour, le Sri Lanka et Taïwan. Nos analyses moléculaires ont révélé que les échantillons du Brunéi Darussalam et de l'est de la Malaisie péninsulaire étaient génétiquement similaires. Cependant, les premiers ont montré une diversité génétique plus élevée que les seconds. Les échantillons de ces deux sites ont également montré des signatures d'expansion de la population. De plus, des haplotypes identiques ont pu être trouvés à différents endroits, suggérant l'absence de structure génétique spatiale. D'autre part, Lutjanus lutjanus a montré une structure de population associée à des emplacements géographiques, c'est-à-dire l'océan Pacifique occidental, l'océan Indien et les Moluques en Indonésie.<br/>El pargo aleta amarilla, Lutjanus xanthopinnis, se registró como una especie recién descrita en la región del Indo-Pacífico en 2015. Sin embargo, el conocimiento de su biología, biogeografía y ecología es poco entendido, y, por lo tanto, su estado de conservación actual se clasifica como Data Deficient. Se examinó el gen de la subunidad I (COI) de la citocromo c oxidasa mitocondrial para confirmar la identificación de especies. También examinamos los haplotipos del gen COI de L. xanthopinnis en Brunei Darussalam y Malasia junto con otras aguas, es decir, Bangladesh, Indonesia, Japón, Singapur, Sri Lanka y Taiwán. Nuestros análisis moleculares encontraron que las muestras de Brunei Darussalam y Malasia peninsular oriental eran genéticamente similares. Sin embargo, el primero mostró una mayor diversidad genética que el segundo. Las muestras de estos dos sitios también mostraron firmas de expansión de la población. Además, se podrían encontrar haplotipos idénticos en diferentes ubicaciones, lo que sugiere la ausencia de estructura genética espacial. Por otro lado, Lutjanus lutjanus mostró una estructura de población asociada con ubicaciones geográficas, es decir, el Océano Pacífico occidental, el Océano Índico y las Molucas en Indonesia.<br/>The yellowfin snapper, Lutjanus xanthopinnis, was recorded as a newly described species in the Indo-Pacific region in 2015. However, the knowledge of its biology, biogeography and ecology is scarcely understood, and, hence, its current conservation status is categorized as Data Deficient. The mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene was examined to confirm species identification. We also examined the COI gene haplotypes of L. xanthopinnis in Brunei Darussalam and Malaysia together with other waters, i.e., Bangladesh, Indonesia, Japan, Singapore, Sri Lanka and Taiwan. Our molecular analyses found that Brunei Darussalam and eastern Peninsular Malaysia samples were genetically similar. However, the former showed higher genetic diversity than the latter. The samples from these two sites also showed signatures of population expansion. Furthermore, identical haplotypes could be found in different locations, suggesting the absence of spatial genetic structure. On the other hand, Lutjanus lutjanus showed a population structure associated with geographical locations, i.e., western Pacific Ocean, Indian Ocean and Maluku in Indonesia.<br/>