High frequency of Polio-like Enterovirus C strains with differential clustering of CVA-13 and EV-C99 subgenotypes in a cohort of Malawian children

• DOI: 10.1007/s00705-018-3878-7
• Publication Date: 2018-05-28T11:17:20Z
• Authors: Lieke Brouwer; Sabine M. G. van ...; Job C. J. Calis; Andrea H. L. Bruning; Steven Wang; Joanne G. Wildenb...; Sjoerd P. H. Rebers; Kamija S. Phiri; Brenda M. Westerhuis; Michaël Boele van...; Dasja Pajkrt; Katja C. Wolthers
• Keywords: Male; Malawi; Genotype; EMC OR-01; Dynamics of Livestock Disease Transmission and Control; Cluster (spacecraft); FOS: Health sciences; Microbiology; Cardiovascular Magnetic Resonance; Cohort Studies; Agricultural and Biological Sciences; Serotype; Feces; 03 medical and health sciences; SDG 3 - Good Health and Well-being; Virology; Health Sciences; Enterovirus Infections; Humans; Aetiology, Diagnosis, and Management of Myocarditis; Child; Biology; Phylogeny; Enterovirus; 0303 health sciences; Coinfection; Genetic Variation; Infant; Gastrointestinal Viral Infections and Vaccines Development; Life Sciences; Medical microbiology; Computer science; Enterovirus C, Human; Virus; Programming language; 3. Good health; Cross-Sectional Studies; Infectious Diseases; Child, Preschool; FOS: Biological sciences; Medicine; Original Article; Capsid Proteins; Female; Cardiology and Cardiovascular Medicine; Agronomy and Crop Science

Los enterovirus (EV) se encuentran entre los virus más comúnmente detectados que infectan a los humanos en todo el mundo. Aunque la prevalencia de EV es ampliamente estudiada, el estado de la prevalencia de EV en el África subsahariana sigue siendo en gran parte desconocido. Por lo tanto, el objetivo de nuestro presente estudio fue aumentar nuestro conocimiento sobre la circulación de vehículos eléctricos en el África subsahariana. Obtuvimos 749 muestras fecales de un estudio transversal realizado en niños malauíes de 6 a 60 meses. Probamos las muestras para detectar la presencia de EV utilizando PCR en tiempo real y tipificamos las muestras positivas en función de las secuencias parciales de proteína viral 1 (VP1). Una gran proporción de las muestras fueron EV positivas (89,9%). El 12,9% de las muestras tipificadas pertenecían a la especie EV A (EV-A), el 48,6% a la especie B (EV-B) y el 38,5% a la especie C (EV-C). Más de la mitad de las cepas EV-C (53%) pertenecían al subgrupo C que contenía, entre otros, Poliovirus (PV) 1-3. El serotipo más frecuentemente aislado en nuestro estudio fue CVA-13, seguido de EV-C99. Las cepas de CVA-13 mostraron una gran diversidad genética, posiblemente representando un nuevo grupo, 'F'. La mayoría de las cepas EV-C99 se agruparon como grupo B. En conclusión, este estudio mostró una gran circulación de EV entre los niños de Malawi, con una prevalencia de EV del 89,9%. La identificación de prevalencias para las especies EV-C comparables a nuestro estudio (38,5%) solo se ha informado anteriormente en el África subsahariana, y el EV-C rara vez se encuentra fuera de esta región. Los datos encontrados en este estudio son una contribución importante a nuestro conocimiento actual de la epidemiología de EV en el África subsahariana.<br/>Enteroviruses (EVs) are among the most commonly detected viruses infecting humans worldwide. Although the prevalence of EVs is widely studied, the status of EV prevalence in sub-Saharan Africa remains largely unknown. The objective of our present study was therefore to increase our knowledge on EV circulation in sub-Saharan Africa. We obtained 749 fecal samples from a cross-sectional study conducted on Malawian children aged 6 to 60 months. We tested the samples for the presence of EVs using real time PCR, and typed the positive samples based on partial viral protein 1 (VP1) sequences. A large proportion of the samples was EV positive (89.9%). 12.9% of the typed samples belonged to EV species A (EV-A), 48.6% to species B (EV-B) and 38.5% to species C (EV-C). More than half of the EV-C strains (53%) belonged to subgroup C containing, among others, Poliovirus (PV) 1-3. The serotype most frequently isolated in our study was CVA-13, followed by EV-C99. The strains of CVA-13 showed a vast genetic diversity, possibly representing a new cluster, 'F'. The majority of the EV-C99 strains grouped together as cluster B. In conclusion, this study showed a vast circulation of EVs among Malawian children, with an EV prevalence of 89.9%. Identification of prevalences for species EV-C comparable to our study (38.5%) have only previously been reported in sub-Saharan Africa, and EV-C is rarely found outside of this region. The data found in this study are an important contribution to our current knowledge of EV epidemiology within sub-Saharan Africa.<br/>Les entérovirus (EV) sont parmi les virus les plus fréquemment détectés infectant les humains dans le monde. Bien que la prévalence des VE soit largement étudiée, l'état de la prévalence des VE en Afrique subsaharienne reste largement inconnu. L'objectif de notre présente étude était donc d'accroître nos connaissances sur la circulation des VE en Afrique subsaharienne. Nous avons obtenu 749 échantillons de selles à partir d'une étude transversale menée sur des enfants malawiens âgés de 6 à 60 mois. Nous avons testé les échantillons pour la présence de VE en utilisant la PCR en temps réel, et nous avons typé les échantillons positifs en fonction des séquences partielles de la protéine virale 1 (VP1). Une grande partie des échantillons était EV positif (89,9%). 12,9% des échantillons typés appartenaient à l'espèce EV A (EV-A), 48,6% à l'espèce B (EV-B) et 38,5% à l'espèce C (EV-C). Plus de la moitié des souches EV-C (53 %) appartenaient au sous-groupe C contenant, entre autres, le poliovirus (PV) 1-3. Le sérotype le plus fréquemment isolé dans notre étude était CVA-13, suivi de EV-C99. Les souches de CVA-13 ont montré une vaste diversité génétique, représentant peut-être un nouveau cluster, « F ». La majorité des souches EV-C99 regroupées dans le groupe B. En conclusion, cette étude a montré une vaste circulation des VE chez les enfants malawiens, avec une prévalence des VE de 89,9 %. L'identification des prévalences pour les espèces EV-C comparables à notre étude (38,5 %) n'a été rapportée qu'en Afrique subsaharienne, et l'EV-C est rarement trouvée en dehors de cette région. Les données trouvées dans cette étude sont une contribution importante à nos connaissances actuelles sur l'épidémiologie des VE en Afrique subsaharienne.<br/>الفيروسات المعوية (EVs) هي من بين الفيروسات الأكثر شيوعًا التي تصيب البشر في جميع أنحاء العالم. على الرغم من دراسة انتشار المركبات الكهربائية على نطاق واسع، إلا أن حالة انتشار المركبات الكهربائية في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى لا تزال غير معروفة إلى حد كبير. لذلك كان الهدف من دراستنا الحالية هو زيادة معرفتنا بتداول المركبات الكهربائية في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى. حصلنا على 749 عينة براز من دراسة مستعرضة أجريت على أطفال ملاوي الذين تتراوح أعمارهم بين 6 إلى 60 شهرًا. اختبرنا العينات لوجود المركبات الكهربائية باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي، وكتبنا العينات الإيجابية بناءً على تسلسلات البروتين الفيروسي الجزئي 1 (VP1). كانت نسبة كبيرة من العينات إيجابية للمركبات الكهربائية (89.9 ٪). تنتمي 12.9 ٪ من العينات المطبوعة إلى أنواع المركبات الكهربائية A (EV - A)، و 48.6 ٪ إلى الأنواع B (EV - B) و 38.5 ٪ إلى الأنواع C (EV - C). ينتمي أكثر من نصف سلالات EV - C (53 ٪) إلى المجموعة الفرعية C التي تحتوي، من بين أمور أخرى، على فيروس شلل الأطفال (PV) 1-3. كان النمط المصلي الأكثر عزلًا في دراستنا هو CVA -13، يليه EV - C99. أظهرت سلالات CVA -13 تنوعًا جينيًا واسعًا، ربما يمثل مجموعة جديدة، "F". في الختام، أظهرت هذه الدراسة انتشارًا واسعًا للمركبات الكهربائية بين الأطفال الملاويين، مع انتشار للمركبات الكهربائية بنسبة 89.9 ٪. لم يتم الإبلاغ سابقًا عن تحديد معدلات انتشار الأنواع EV - C مقارنة بدراستنا (38.5 ٪) إلا في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى، ونادراً ما يتم العثور على EV - C خارج هذه المنطقة. البيانات الموجودة في هذه الدراسة هي مساهمة مهمة في معرفتنا الحالية بعلم أوبئة المركبات الكهربائية في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى.<br/>