SARS-CoV-2 introductions and early dynamics of the epidemic in Portugal

• DOI: 10.1038/s43856-022-00072-0
• Publication Date: 2022-01-28T11:02:30Z
• Authors: Vítor Borges; Joana Isidro; Nídia Sequeira Tr...; Sílvia Duarte; Helena Cortes-Mar...; Hugo Martiniano; Isabel Gordo; Ricardo Leite; Luís Vieira; ; Agostinho José S....; Aida M. Sousa Fer...; Alexandra Estrada; Alexandra Nunes; Alfredo Rodrigues; Ana Caldas; Ana Constança; Ana Margarida Hen...; Ana Miguel Matos; Ana Oliveira; Ana Paula Dias; Ana Pelerito; Ana Rita Couto; Anabela Vilares; António Albuquerque; Baltazar Nunes; Bruna R. Gouveia; Carina de Fátima ...; Carla Feliciano; Carla Roque; Carlos Cardoso; Carlos Sousa; Cathy Paulino; Célia Rodrigues B...; Claudia C. Branco; Cláudia Nunes dos...; Conceição Godinho; Constantino P. Ca...; Cristina Correia; Cristina Toscano; Cristina Veríssimo; Daniela Silva; Diana Patrícia Pi...; Eliana Costa; Elizabeth Pádua; Fátima Martins; Fátima Vale; Fernanda Vilarinho; Fernando Branca; Filomena Caldeira; Filomena Lacerda; Francisca Rocha; Graça Andrade; Helena Ribeiro; Helena Rodrigues; Herberto Jesus; Hugo Sousa; Idalina Ferreira; Inês Baldaque; Inês Costa; Inês Gomes; Inna Slobidnyk; Isabel Albergaria; Isabel Dias; Isabel Fernandes; Isabel Lopes de C...; Ivone Água-Doce; Jácome Bruges Armas; Joana Ramos; João Carlos Sousa; João Costa; João Dias; João Rodrigues; João Sobral; Jorge Machado; Jorge Meneses; José Alves; José Vicente Cons...; Laura Brum; Leonor Silveira; Líbia Zé-Zé; Lidia Santos; Ludivina Freitas; Luís Silva; Luisa Mota-Vieira; Lurdes Lopes; Lurdes Monteiro; Márcia Faria; Margarida Farinha; Margarida Vaz; Maria Alice Pinto; Maria Ana Pessanha; Maria Beatriz Tomaz; Maria Calle Vellés; Maria da Graça Ma...; Maria Helena Ramos; Maria Isabel Veiga; Maria João Gargate; Maria João Peres; Maria José Borrego; Maria Matos Figue...; Mariana Martins; Mariana Viana; Maurício Melim; Miguel Babarro Jo...; Miguel Fevereiro; Miguel Pinheiro; Mónica Oleastro; Nair Seixas; Nelson Ventura; Nuno Verdasca; Olga Costa; Patrícia Barros; Patricia Fonseca; Patricia Miguel; Paula Bajanca-Lavado; Paula Branquinho; Paula Palminha; Paula Soares; Paula Valente; Paulo Leandro; Paulo Pereira; Pedro Cardoso; Pedro Pechirra; Pedro Ramos; Raquel Neves; Raquel Rocha; Raquel Rodrigues; Raquel Sabino; Regina Sá; Ricardo Filipe Ro...; Ricardo Rodrigues; Rita C. Veloso; Rita Cordeiro; Rita Côrte-Real; Rita de Sousa; Rita Gralha; Rita Macedo; Rita Matos; Rita Rodrigues; Sandra Paulo; Sara Sousa; Sílvia Lopo; Sónia Marta Santo...; Sónia Rodrigues; Sónia Silva; Susana Ladeiro; Susana Martins; Susana Silva; Teresa Salvado; Tiago Luís; Valquíria Alves; Vera Manageiro; Raquel Guiomar; João Paulo Gomes
• Keywords: Pandemic; 2019-20 coronavirus outbreak; Epidemiological surveillance

Genomic surveillance of SARS-CoV-2 in Portugal was rapidly implemented by the National Institute Health early stages COVID-19 epidemic, collaboration with more than 50 laboratories distributed nationwide.By applying recent phylodynamic models that allow integration individual-based travel history, we reconstructed and characterized spatio-temporal dynamics introductions dissemination Portugal.We detected at least 277 independent introductions, mostly from European countries (namely United Kingdom, Spain, France, Italy, Switzerland), which were consistent highest connectivity Portugal. Although most estimated to have occurred during March 2020, it is likely silently circulating throughout February, before first cases confirmed.Here conclude earlier implementation measures could minimized number subsequent virus expansion This study lays foundation for genomic epidemiology Portugal, highlights need systematic geographically-representative surveillance.