The Transcriptional Landscape of the Mammalian Genome

• DOI: 10.1126/science.1112014
• Publication Date: 2005-09-01T21:23:40Z
• Authors: P. Carninci; T. Kasukawa; S. Katayama; J. Gough; M. C. Frith; N. Maeda; R. Oyama; T. Ravasi; B. Lenhard; C. Wells; R. Kodzius; K. Shimokawa; V. B. Bajic; S. E. Brenner; S. Batalov; A. R. R. Forrest; M. Zavolan; M. J. Davis; L. G. Wilming; V. Aidinis; J. E. Allen; A. Ambesi-Impiombato; R. Apweiler; R. N. Aturaliya; T. L. Bailey; M. Bansal; L. Baxter; K. W. Beisel; T. Bersano; H. Bono; A. M. Chalk; K. P. Chiu; V. Choudhary; A. Christoffels; D. R. Clutterbuck; M. L. Crowe; E. Dalla; B. P. Dalrymple; B. de Bono; G. Della Gatta; D. di Bernardo; T. Down; P. Engstrom; M. Fagiolini; G. Faulkner; C. F. Fletcher; T. Fukushima; M. Furuno; S. Futaki; M. Gariboldi; P. Georgii-Hemming; T. R. Gingeras; T. Gojobori; R. E. Green; S. Gustincich; M. Harbers; Y. Hayashi; T. K. Hensch; N. Hirokawa; D. Hill; L. Huminiecki; M. Iacono; K. Ikeo; A. Iwama; T. Ishikawa; M. Jakt; A. Kanapin; M. Katoh; Y. Kawasawa; J. Kelso; H. Kitamura; H. Kitano; G. Kollias; S. P. T. Krishnan; A. Kruger; S. K. Kummerfeld; I. V. Kurochkin; L. F. Lareau; D. Lazarevic; L. Lipovich; J. Liu; S. Liuni; S. McWilliam; M. Madan Babu; M. Madera; L. Marchionni; H. Matsuda; S. Matsuzawa; H. Miki; F. Mignone; S. Miyake; K. Morris; S. Mottagui-Tabar; N. Mulder; N. Nakano; H. Nakauchi; P. Ng; R. Nilsson; S. Nishiguchi; S. Nishikawa; F. Nori; O. Ohara; Y. Okazaki; V. Orlando; K. C. Pang; W. J. Pavan; G. Pavesi; G. Pesole; N. Petrovsky; S. Piazza; J. Reed; J. F. Reid; B. Z. Ring; M. Ringwald; B. Rost; Y. Ruan; S. L. Salzberg; A. Sandelin; C. Schneider; C. Schönbach; K. Sekiguchi; C. A. M. Semple; S. Seno; L. Sessa; Y. Sheng; Y. Shibata; H. Shimada; K. Shimada; D. Silva; B. Sinclair; S. Sperling; E. Stupka; K. Sugiura; R. Sultana; Y. Takenaka; K. Taki; K. Tammoja; S. L. Tan; S. Tang; M. S. Taylor; J. Tegner; S. A. Teichmann; H. R. Ueda; E. van Nimwegen; R. Verardo; C. L. Wei; K. Yagi; H. Yamanishi; E. Zabarovsky; S. Zhu; A. Zimmer; W. Hide; C. Bult; S. M. Grimmond; R. D. Teasdale; E. T. Liu; V. Brusic; J. Quackenbush; C. Wahlestedt; J. S. Mattick; D. A. Hume; C. Kai; D. Sasaki; Y. Tomaru; S. Fukuda; M. Kanamori-Katayama; M. Suzuki; J. Aoki; T. Arakawa; J. Iida; K. Imamura; M. Itoh; T. Kato; H. Kawaji; N. Kawagashira; T. Kawashima; M. Kojima; S. Kondo; H. Konno; K. Nakano; N. Ninomiya; T. Nishio; M. Okada; C. Plessy; K. Shibata; T. Shiraki; S. Suzuki; M. Tagami; K. Waki; A. Watahiki; Y. Okamura-Oho; H. Suzuki; J. Kawai; Y. Hayashizaki
• Keywords: Transcription

This study describes comprehensive polling of transcription start and termination sites analysis previously unidentified full-length complementary DNAs derived from the mouse genome. We identify 5' 3' boundaries 181,047 transcripts with extensive variation in arising alternative promoter usage, splicing, polyadenylation. There are 16,247 new protein-coding transcripts, including 5154 encoding proteins. Genomic mapping transcriptome reveals transcriptional forests, overlapping on both strands, separated by deserts which few observed. The data provide a platform for comparative mammalian regulation differentiation development.