PCR-based detection and serovar identification of Salmonella in retail meat collected from wet markets in Metro Manila, Philippines

• DOI: 10.1371/journal.pone.0239457
• Publication Date: 2020-09-30T18:03:45Z
• Authors: Pauline Dianne M....; Kenneth W. Widmer; Windell L. Rivera
• Keywords: 0301 basic medicine; Meat; Swine; Science; Philippines; Veterinary medicine; Food Contamination; Serogroup; Polymerase Chain Reaction; Microbiology; Agricultural and Biological Sciences; Food science; Serotype; 03 medical and health sciences; Endocrinology; Salmonella; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Genetics; Animals; Serotyping; Molecular Biology; Biology; Dynamics and Pathogenesis of Cholera Bacteria; Bacteria; Q; R; Life Sciences; Global Burden of Foodborne Pathogens; DNA Barcoding for Food Authentication and Fraud Detection; 3. Good health; FOS: Biological sciences; Medicine; Cattle; Chickens; Research Article; Food Science

هدفت هذه الدراسة إلى اكتشاف السالمونيلا من لحوم التجزئة التي تم جمعها من تسعة أسواق رطبة في مانيلا الكبرى، وتحديد الأنواع الفرعية لعزلات السالمونيلا باستخدام مقايسات التنميط المصلي الجزيئي من البرايمر المطور سابقًا. من بين 720 عينة لحوم تم جمعها، تم العثور على 57.64 ٪ ملوثة بالسالمونيلا. كانت المجموعة المصلية الأكثر شيوعًا هي السالمونيلا O:3، وتم العثور أيضًا على مجموعات السالمونيلا المصلية O:4، O: 6،7، O: 8، O:9، ومجموعات مصلية غير محددة. كانت العزلات الأكثر شيوعًا في لحوم الأبقار هي S. 3:e،h:1,6 (الهوية المفترضة: S. Anatum) و S: 4:e،h:1,2 (الهوية المفترضة: S. Saintpaul)، في لحوم الخنازير كانت S. 3:e،h:1,6 (الهوية المفترضة: S. Anatum)، و S. 8:i:z6 (الهوية المفترضة: S. Kentucky) كانت شائعة في منتجات الدواجن. أظهرت هذه الدراسة أيضًا أن عينات اللحوم بالتجزئة كانت ملوثة بمجموعات مصلية متعددة من السالمونيلا والسيروفار. هذه هي أول دراسة فلبينية تستخدم المقايسات القائمة على تفاعل البوليميراز المتسلسل لتوصيف عزلات السالمونيلا وصولاً إلى مستوى السيروفار وتوفر معلومات أساسية فيما يتعلق بانتشار السالمونيلا وتوزيع السيروفار في لحوم التجزئة. يمكن استخدام التنميط المصلي الجزيئي الذي تم إجراؤه في هذه الدراسة كنهج بديل للتنميط المصلي التقليدي في مراقبة السالمونيلا في الفلبين لأن الأخير مكلف ويستغرق وقتًا طويلاً ويتطلب فنيين ماهرين.<br/>Este estudio tuvo como objetivo detectar Salmonella a partir de carne minorista recolectada de nueve mercados húmedos en Metro Manila e identificar los subtipos de aislados de Salmonella utilizando ensayos de serotipado molecular de cebadores desarrollados previamente. De las 720 muestras de carne recolectadas, se encontró que el 57.64% estaba contaminado con Salmonella. El serogrupo más predominante fue Salmonella O:3, y también se encontraron serogrupos de Salmonella O:4, O: 6,7, O: 8, O:9, y serogrupos indeterminados. Los aislados más frecuentemente detectados en carne bovina fueron S. 3:e,h:1,6 (identidad putativa: S. Anatum) y S: 4:e,h:1,2 (identidad putativa: S. Saintpaul), en carne porcina fue S. 3:e,h:1,6 (identidad putativa: S. Anatum), y S. 8:i:z6 (identidad putativa: S. Kentucky) fue común en productos avícolas. Este estudio también demostró que las muestras de carne al por menor estaban contaminadas con múltiples serogrupos y serovares de Salmonella. Este es el primer estudio filipino que utilizó ensayos basados en PCR para caracterizar aislados de Salmonella hasta un nivel de serovariedad y proporciona información de referencia sobre la prevalencia de Salmonella y la distribución de serovariedades en la carne al por menor. La serotipificación molecular realizada en este estudio se puede utilizar como un enfoque alternativo a la serotipificación tradicional en la vigilancia de Salmonella en Filipinas, ya que esta última es costosa, requiere mucho tiempo y requiere técnicos expertos.<br/>Cette étude visait à détecter Salmonella à partir de viande au détail prélevée sur neuf marchés humides du Grand Manille et à identifier les sous-types d'isolats de Salmonella à l'aide de tests de sérotypage moléculaire à partir d'amorces précédemment développées. Sur les 720 échantillons de viande collectés, 57,64 % étaient contaminés par Salmonella. Le sérogroupe le plus prédominant était Salmonella O :3 et des sérogroupes de Salmonella O :4, O :6,7, O :8, O :9 et des sérogroupes indéterminés ont également été trouvés. Les isolats les plus fréquemment détectés dans la viande bovine étaient S. 3 :e,h :1,6 (identité présumée : S. Anatum) et S : 4 :e,h :1,2 (identité présumée : S. Saintpaul), dans la viande porcine S. 3 :e,h :1,6 (identité présumée : S. Anatum) et S. 8 :i :z6 (identité présumée : S. Kentucky) était courant dans les produits de volaille. Cette étude a également démontré que les échantillons de viande au détail étaient contaminés par plusieurs sérogroupes et sérovars de Salmonella. Il s'agit de la première étude philippine qui a utilisé des tests basés sur la PCR pour caractériser les isolats de Salmonella jusqu'à un niveau de sérovar et fournit des informations de base sur la prévalence de Salmonella et la distribution du sérovar dans la viande vendue au détail. Le sérotypage moléculaire effectué dans cette étude peut être utilisé comme approche alternative au sérotypage traditionnel dans la surveillance de Salmonella aux Philippines, car ce dernier est coûteux, prend du temps et nécessite des techniciens qualifiés.<br/>This study aimed to detect Salmonella from retail meat collected from nine wet markets in Metro Manila, and identify the subtypes of Salmonella isolates using molecular serotyping assays from previously developed primers. Of the 720 collected meat samples, 57.64% were found to be Salmonella-contaminated. The most predominant serogroup was Salmonella O:3, and Salmonella serogroups O:4, O:6,7, O:8, O:9, and undetermined serogroups were also found. Most frequently detected isolates in bovine meat were S. 3:e,h:1,6 (putative identity: S. Anatum) and S: 4:e,h:1,2 (putative identity: S. Saintpaul), in porcine meat was S. 3:e,h:1,6 (putative identity: S. Anatum), and S. 8:i:z6 (putative identity: S. Kentucky) was common in poultry products. This study also demonstrated retail meat samples were contaminated with multiple Salmonella serogroups and serovars. This is the first Philippine study that utilized PCR-based assays to characterize Salmonella isolates down to a serovar level and provides baseline information regarding Salmonella prevalence and serovar distribution in retail meat. Molecular serotyping performed in this study can be used as an alternative approach to traditional serotyping in surveillance of Salmonella in the Philippines since the latter is expensive, time-consuming, and requires skilled technicians.<br/>