A5009997084- Scientific Computing and Data Management
- Research Data Management Practices
- scientometrics and bibliometrics research
- Biomedical Text Mining and Ontologies
- Genomics and Phylogenetic Studies
- Data Quality and Management
- Gene expression and cancer classification
- Allergic Rhinitis and Sensitization
- Academic Publishing and Open Access
- Genetic diversity and population structure
- Semantic Web and Ontologies
- Mycotoxins in Agriculture and Food
- SARS-CoV-2 detection and testing
- Asthma and respiratory diseases
- Aquatic Ecosystems and Biodiversity
- Cell Image Analysis Techniques
- Respiratory and Cough-Related Research
- Context-Aware Activity Recognition Systems
- Virology and Viral Diseases
- Fish Biology and Ecology Studies
- Counseling Practices and Supervision
- Diverse Educational Innovations Studies
- Indoor Air Quality and Microbial Exposure
- Yeasts and Rust Fungi Studies
- Plant Pathogens and Fungal Diseases
National Institute of Informatics
2020-2024
RIKEN BioResource Research Center
2024
Center for Open Science
2022-2024
RIKEN
2024
Japan Science and Technology Agency
2019-2020
National Institute of Health Sciences
2019-2020
Information and Mathematical Science and Bioinformatics (Japan)
2019
Azabu University
2019
Tokyo Institute of Technology
2007
Biological databases represent an extraordinary collective volume of work. Diligently built up over decades and comprising many millions contributions from the biomedical research community, biological provide worldwide access to a massive number records (also known as entries) [1]. Starting individual laboratories, genomes are sequenced, assembled, annotated, ultimately submitted primary nucleotide such GenBank [2], European Nucleotide Archive (ENA) [3], DNA Data Bank Japan (DDBJ) [4]...
The molecular basis of the incipient stage speciation is still poorly understood. Cichlid fish species in Lake Victoria are a prime example recent events and suitable system to study adaptation reproductive isolation species.Here, we report pattern genomic differentiation between two cichlid collected sympatry, Haplochromis pyrrhocephalus H. sp. 'macula,' based on pooled genome sequences 20 individuals each species. Despite their ecological differences, population genomics analyses...
Since the early phase of coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, a number research institutes have been sequencing and sharing high-quality severe acute respiratory syndrome 2 (SARS-CoV-2) genomes to trace route infection in Japan. To provide insight into spread COVID-19, we developed web platform named SARS-CoV-2 HaploGraph visualize emergence timing geographical transmission haplotypes. Using data from GISAID EpiCoV database as June 4, 2022, created haplotype naming system by...
Fumonisins are well known as mycotoxins produced by various Fusarium species. Recently Aspergillus niger has been reported to be a fumonisin B2 (FB2) producer. is member of section Nigri. Members this common food contaminants and also distributed widely in the environment. This study aimed determine 1) optimum culture conditions A. for production including growth medium, temperature incubation period 2) among isolates Nigri closely related species isolated from Japanese environmental...
Abstract The volume of biological database records is growing rapidly, populated by complex drawn from heterogeneous sources. A specific challenge duplication, that is, the presence redundancy (records with high similarity) or inconsistency (dissimilar correspond to same entity). characteristics (which are duplicates), impact (why duplicates significant), and solutions (how address duplication), not well understood. Studies on topic neither recent nor comprehensive. In addition, other data...
In recent years, there has been international progress in developing platforms that support the reproducibility and reusability of research data. Typical adopt a service architecture integrating multiple information systems to cover entire data lifecycle. realizing this architecture, specifications for inheriting processes results executed on different play an essential role. This study introduces our practices application profile development using ontology technology NII Research Data Cloud.
近年,世界的にオープンサイエンス(OS)推進の施策が進められ,研究者への論文や研究データの公開要請が強まっている.研究者のOS参加を促すには,OS活動が広く貢献として認められるような新しい研究評価が求められる.欧州のOpenAIREと英国のCOREは,公開された多様な研究成果物を集約し,OSモニタリング指標に基づいた透明性や公平性を備えた研究評価を支援する,大学や研究機関向けのダッシュボードを提供し始めている.本研究ではOpenAIREとCORE,大学等で研究評価に利用されてきたInCitesとSciValを対象として,主に公開資料を元に,提供指標を「提供」,「資金」,「成果」,「OS」,「共著・共同」,「引用」,「影響力」,「その他」に分類して,それぞれの提供数を調査し,比較した.結果,複数の分類区分に複数のダッシュボードからの提供指標群が見られ,ダッシュボードに共通部分があることがわかった.また,OpenAIREとCOREでは,永続識別子付与率等のFAIR原則遵守を示すOSモニタリング指標が観察され,InCitesとSciValとの違いが見られた.さらにOpenAIREでは,...
国立情報学研究所では同研究所が提供するNII Research Data Cloud のログを横断的に分析するための専用環境「統合ログ基盤」を整備してきた.本発表では特に学術情報検索サービスのCiNiiのログを対象にした当該基盤の機能を使った分析結果を報告する.当該基盤の特徴は,(1)各アクセスログ(宛先URI)に対してユーザー行動を端的に示すラベル(ボキャブラリ)を付与する機能,(2) アクセスログを意味のある単位でまとめる(「アクセスグラフ」を生成する)機能を持つことであり,本研究ではこれらの機能を用いることにより個々のユーザーの行動をモデル化できる可能性を示す.
国立情報学研究所では,日本の学術情報にアクセスするためのオンラインデータベースおよび検索サービスとしてCiNii (サイニィ)を開発・運用している.このCiNiiはコンテンツの半数が日本語で記述されているため,利用者の多くは日本国内からアクセスしている.本研究では,CiNiiの利用者層を海外に広げるため,日本語以外の言語でもコンテンツを見つけやすくすることで,特に研究データ共有の原則のひとつである「発見性 (Findable)」の向上を目指す.今回,機械翻訳を活用して既存のCiNiiに英語化メタ情報を一括付与し,評価用サービスを開発した.本稿では,評価用サービスの概要を説明し,既存サービスに対するコンテンツ発見機会の向上効果,課題,将来の展開予定等について報告する.
Allergens originating from fungal components abundantly exist in and around human life. We constructed a data portal specific for allergens that includes genomic four Aspergillus species used by beverage industries. The database contains the information of nucleotide sequences, which are similar to coding region already known public database. will accelerate allergen identification prediction research field.
The data sharing started from the early phase of COVID-19 pandemic. Although a large amount publicly available research have been created, their discoverability remains unsolved. European bioinformatics institute (EMBL-EBI) aims to develop database catalog site named Data Portal by collecting and organizing relevant tools information comply with FAIR principles. In Japan, lack such venues exemplify international efforts make difficult. order facilitate Japanese contribution it more findable,...
近年,研究データの再現性と再利用性を支えるプラットフォーム開発が国際的に進んでいる.多くのプラットフォームでは,複数の情報システムを統合してライフサイクル全体をカバーするサービスアーキテクチャを採用している.このようなアーキテクチャの実現に当たっては,異なる情報システム上で実行された処理と結果を引き継ぐための仕様が重要な役割を果たす.本研究では,我々が開発する研究データ基盤であるNII Research Data Cloud (NII RDC)における,アプリケーションプロファイル開発に向けた実践を紹介する.各基盤で扱われるデータの相互運用性を高めるために,我々はNII RDCのユーザーストーリーから抽出した実体と主要な関係性をもとに,オントロジー理論と技術を用いてアプリケーションプロファイルを開発した.本アプリケーションプロファイルを用いることで,複数の基盤間だけではなく,異なる分野のユーザー間でも実行された処理と結果の理解促進が期待できる.
近年の世界的なオープンサイエンス(OS)の進展には,研究者個人だけでなく,大学や研究機関の取り組みが重要な役割を果たすことが指摘されている.国や地域単位でオープンな研究成果を集めた学術情報データベースから,機関のOS活動をモニタリングし,研究評価の改革にもつなげ得る機関向けダッシュボードが提供されはじめている.日本における,大学等の機関向けダッシュボードとその指標へのニーズを明らかにすることは,OSを促進し,機関におけるOSや研究評価改革活動の進展に資することが期待される.本研究では,国内大学等の図書館員とURAの2つのコミュニティ・計15名にインタビューを行い,質的分析により,機関内で現在用いられている指標群と今後利用意向のある指標群を明らかにした.さらに「指標」のみに注目した予備的分析として,抽出された指標にもとづいて,各コミュニティごとに求められる機関向けダッシュボードを構成し,その違いを明らかにした.
研究助成機関が資金提供を行うプロジェクトからは,多様な研究成果が産出される.科学研究費助成事業(科研費)で助成対象者が提出する報告書では,研究成果を雑誌論文,学会発表,図書,産業財産権に分類して記述する.オープンサイエンスの潮流の中,いずれにも該当しない研究成果が多く産出されており,プレプリントを雑誌論文として挙げる等枠組みを超えて研究成果が報告されている.本稿は,科研費の研究成果のリソース種別を参照することで,研究成果の多様性の変化と現状を明らかにする.調査の結果,海外の助成機関と比較すると科研費の研究成果の多様性は低いが,増加傾向にあることが観察された. また,大型の研究種目ほど,多様な研究成果が産出されていることが判明した.一方,若手研究者向けの研究種目では,プレプリントの割合が高いことが示された.これらから,日本でも多様な研究成果の評価に対する要望は高くなっていると考えられる.
A comprehensive search system for the bioscience databases is in progress. We constructed a service, Life science database cross (https://biosciencedbc.jp/dbsearch/index. php?lang=en) by integrating numerous biomedical using crawling algorithms. The described integrates 600 containing over 90 million entries indexed research and development.
論文や引用等の独自DBを持ち，研究評価指標等の情報を提供するサービスにWeb of Science （WoS）やScopusがある．これらの基盤にオープンアクセスの研究成果物を集約する学術情報基盤を加えた海外主要4基盤のダッシュボードを比較分析した．提供される指標を分類して各基盤の特徴を可視化した結果，商用系は研究IR，学術系はオープンサイエンスに関わる指標に特徴があり，新たな指標を採用する例も観察された．
研究データ共有の活発化や研究評価再検討の動きから，学術情報検索サービスへの需要は高まりつつあるが，その構成要素となる機能は明らかではない．そのため，本研究では，国内外の59の学術情報検索サービスを対象として画面機能に注目，これを抽出・項目化し，比較分析を行った．項目化では31の項目が得られ，該当する機能の有無による0/1ベクトルとして現した．報告では，項目のベクトルに基づく計量的な分析，および各サービスを観察して得られた特徴について述べる．
Abstract The circumstances in which organisms live induce polymorphism their genes, including fungal allergen leading to altered structures and functions of proteins, related pathogenicity. Major genes Aspergillus fumigatus , Asp f 1 2 3 were examined 59 strains [environment animal/human-body origin] determine nucleotide sequences, then categorized. location number IgE epitopes on the molecules predicted using a computer software. gene was classified into two groups (f1-1 f1-2). One...